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　マシューズは、ゼンダという貨物船でトニー、ハマーの三人で仕事をしていた頃、ケイオスと出会った。
　ある会社の社長からの依頼は、新型のロジカルドライブ搭載型貨客船でもって、荷物を運んでほしいというものだった。男の正体に気づかず、マシューズは引き受ける。その依頼の裏にある組織に気づいていたケイオスも同乗し、罠を何とか潜り抜ける。
　そしてマシューズはクーカイ・ファウンデーションの所属するエルザの船長となり、今へと至る。

　エルザと合流し、第二ミルチアへ向かうクーカイ・ファウンデーション。突如として侵入してきたヘルマンとリヒャルトは、M.O.M.O.を狙ってきたがあっさりとその場を引いた。彼らの置き土産によってJr.はとある場所へとM.O.M.O.とエルザクルーとともに向かう。
　しかし第二ミルチアに向かうファウンデーションと合流するには、時間制限があった。時間内になっても戻らないJr.を心配し、また居なくなったJr.とM.O.M.O.たちを探してシオンたちもロボットアカデミーの協力を経て、ファウンデーションを離れた。
　シオンたちが駆けつけたことにより窮地を脱出するJr.。
　「とある代価」を払って、Jr.たちはファウンデーションと合流を果たし、第二ミルチア太陽系圏へと向かうのだった。

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実はドラマCDにて、ヘルマンとリヒャルトが初登場。なのでepisode2で「ひさしぶりだね」という台詞を言っている。

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Xenosaga ♠Freaks in Xeno-comi

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　突如としてエルザが外部からのハッキングを受け、その調査にJr.は乗り出す。KOS-MOSによって船内を破壊され、デュランダルにまでその被害が拡大する。その事件の背後には恐るべきあの人物が、彼を巻き込んで絡んでいた。

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Xenosaga ♣Freaks in Encyclopedia

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　KOS-MOS「対グノーシス専用人型掃討兵器。開発名称KP-X。シリアルナンバー…ん、違うのですか。…百式プロトタイプのような表現。…わかりました（以下略）」
　M.O.M.O.「面白いこと…（中略）…皆さんどうしたんですか？そんな暗い顔しないで、笑ってくださーい」
　シオン「（前略）〜ああ、すっきりしたぁ。」