Xenosaga Episode1
Der Wille Zur Macht

　A.C20XX年。ケニアのトゥルカナ湖の発掘現場において発見された遺跡から発見された謎の物体「ゾハル」。その後人類は、地球圏からの脱出を余儀なくされ、それから4000年の時を経た宇宙空間から物語は始まる。

　T.C.4767年。惑星アリアドネが消失するという事件の調査のために派遣された星団連邦政府軍の巡洋艦ヴォークリンデは、グノーシスという謎の集団に襲われ壊滅する。
襲撃を予測したように、突如として自律モードで起動した対グノーシス人型掃討兵器KP-X（略称KOS-MOS）によって難を逃れたシオンは、アレン、アンドリューと共に貨客船エルザに救助される。当初の予定の通り、KOS-MOSを第二ミルチアへと移送するべく、彼らは向かっていた。

　途中、小惑星プレロマにおいて幽閉されていた百式汎観測器M.O.M.O.救出に成功したジグラッド８（ジギー）も、合流した。彼らもまた第二ミルチアへと向かうのだという。
　同じ頃、惑星アリアドネの事件を調査に来ていたクーカイ・ファンデーション所属の戦闘艦「デュランダル」は、U-TIC機関と遭遇し一戦を交え、その後連邦艦隊の遭難ポイントへと移動していた。

　第二ミルチアへ向けてハイパースペースを航行していたエルザは聖堂船という惑星規模の大きなグノーシスに取り込まれた。そのグノーシスはどこかの街（惑星）をそのまま取り込んだような構造をしていた。
　その風景がどこだか、アンドリュー中佐は知っていた。彼が、そのエミュレーターの起動でもって消失させた「惑星アリアドネ」そのものだったのだ。
　アンドリューはツォアル事変が起きたときに生まれた。そして 　そこでアンドリューがグノーシスへと変異する姿をシオン達は目撃した。
　彼の死に際に、シオンは彼の意識に触れる。どこかの浜辺でアンドリューの独白を聞き、シオンの心の中にその言葉がいつまでも残っていた。
　「いつか、おまえもここに来る。俺にはそれがわかる」

　エルザと合流を果たしたシオンたちだが、グノーシスの集団に囲まれているという状況に変わりはなく、逃亡以外の選択肢は用意されていなかった。しかしそのグノーシスへ唐突に砲撃が加わる。それは調査に来ていたデュランダルだった。
　膨大な数のグノーシスの集団に、デュランダルも弾が尽きかけていた。しかし、KOS-MOSが単身エルザの外に出て、シオンの知らない兵装でもってグノーシスの集団を一瞬にして消し去り、彼らは難を逃れた。

　貨客船エルザはデュランダルに収容され、クーカイ・ファウンデーションの所有するコロニーに舞台は移る。シオンたち一行はコロニーごと、第二ミルチア系圏へと移動してきたが、連邦艦隊によって進路を阻まれた。
　U-TIC機関の策略により、連邦艦隊への反逆行為の容疑がクーカイ・ファウンデーションにかけられていた。そしてまた、そこでもグノーシスの襲撃が起こった。
　コロニー内の住人を避難させるため侵入したグノーシスをシオンたちは退けたが、傷を負った住民の手当てをするために一人残ったモモが、行方不明となった。
　ファウンデーションを囲むように次々と転移して現れるグノーシスに手間取る…が、
　突如としてあらわれたヴェクターの拠点、人工惑星規模の自由軌道コロニー「曙光」と三隻の新造艦による「ラインの乙女」の一斉射撃によって状況は一変する。このグノーシスを引き寄せている存在がある。ということをシオンは曙光内に居るミユキからの通信で知る。彼女から転送されたPTカートリッジ相転移砲によって、グノーシスを出現させていた「ネピリムの歌声」が実数空間に姿を現した。そしてそこにモモがいることをJr.は感じ取り、量産型百式観測機の走査によって確実となった。

　「歌声の塔」内で、Jr.は幼年時代を共に過ごしたU.R.T.V.「アルベド」と再会する。モモを攫い、彼女の内部に潜む「Y資料」を探るアルベド。そこで、アルベドそしてJr.とガイナンがU.R.T.V.であるという事実をシオンは知る。
　塔の活動を停止させることに成功し、主砲を塔に向けて斉射しようとしたとき、再びアルベドが動き出す。

　アルベドは、かつてミルチア紛争で起きた局所事象変異の二重ブラックホール（アビス）へと葬られたはずの「天の車」を呼び寄せた。

　天の車の主砲は、第二ミルチアへと向けられていた。連邦艦隊はグノーシス襲撃によってほとんどの機能を停止し、増援はいまだ来ない状況の中、シオンたちは天の車を止めるために、乗り込んだ。

　そして、天の車を解体することに成功したが…最後の危機がシオン達を襲う。
　故障によりエルザが大気圏突入角度の調整が出来なくなっていたのだ。

　船尾ハッチ前でケイオスは、世界でもっとも有名な女性の名前を口にする。彼女に向かって。
　そしてその危機を救うべくKOS-MOSのエネルギーフィールドが六枚羽根の天使のように広がりエルザを包む。
　そんな彼女の力に呼応するように、何かに気づく人々…
　第二ミルチアの夕暮れの空をエルザは飛んでいた…。

　シオンは彼女に言った。

　「おかえりなさい」