Xenosaga A missing year
Vive memor mortis.

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　旧ミルチアの封印が解け、さらにもう一度起こった局所事象変異現象がおさまり一応の決着をみた時から半年。 　出現場所もそのタイミングも不明だったグノーシスの発生現象が、唐突に主要都市だけを狙うようにして起きる事件が多発した。のちにそれは『グノーシス・テロ』と呼ばれるようになった。

　ユリ・ミズラヒの依頼によってジンは、1人の量産型百式レアリエンと共に、事件があった場所の調査に赴いた。
　そこで彼は1人の少年と少女と会う。少年の言葉から『グリモア・ヴェルム』という名を聞いた。そして少女からも同じグリモアの名を聞いた。
　少女は、グリモアの少女と呼ばれていた。
　同じく事件の調査に赴いていたスキエンティアのドクトゥスは、その少女を渡すようにジンに要求した。だが、ジンはそれを断り少女はユリ・ミズラヒに保護された。

　ヴェクター三局の分室長になる話があったシオンだが、その話は白紙となりKOS-MOS開発計画の担当者として変わらない日々を過ごしていた。
　しかし三局がグリモアの少女を調査するというときに、アドバイザーとして参加したシオンは少女が自ら名乗った名前に驚愕する。
　ネピリム。
　少女はレアリエンだが、製造記録も本人の記憶にもデータがなかった。レアリエンであることを証明する金色の眼ではなく別の色に変えられ、ネピリムという名前だけが、ごく最近になって誰かに焼き付けられた記憶だという事が判明した。

　グリモアは調査をしているうちに、ロスト・エルサレムの時代からある名前だということが判明した。レメゲトンという特殊なプログラムを開発したプログラマーとして記録されていた。
　レメゲトン自体は、ロスト・エルサレム時代に開発され、ゾハルを制御するプログラムだったがヨアキム・ミズラヒが起こした旧ミルチアの封印という一件によって、断片化しU.M.N.内で拡散してしまっていた。

　その断片化したレメゲトンのプログラムは、『レメゲトンの断章』と呼ばれ、グリモアはそれを集めようとしていることが予測できた。しかしレメゲトンは、断章だけでもグノーシスを任意に、望んだ場所に召還にすることができるということが判明した。ジンが会った少年は、その断章の力でもって、グノーシスを呼び出していたのである。

　そしてまたグノーシスが任意に召還された。出現した場所は、ユリが少女を保護しているラボである。
　シオンとKOS-MOSがユリと少女の救出に向かい、ラボから脱出し様としたとき、ドクトゥスが現れた。彼女はKOS-MOSを半壊し、グリモアの少女を攫った。

　KOS-MOSはヴェクターで修理されることになり、ジンとシオンは少女を奪還すべくスキエンティアの戦艦に侵入する。
　レメゲトンの断章は、断章同士でわずかながら共鳴する。その発生源を頼りに、その戦艦を見つけたのだ。
　スキエンティアの情報により、グノーシスを任意に出現させている原因が、断章を取り込んだ人間である事が判明した。そして戦艦内でグリモアの少女の調査がはじまったが、少女が本来の目の色を取り戻して覚醒したとき、少女はU.M.N.へ転移してしまった。
　シオンはおびえる少女を助けようとして精神だけが共に転移し、体だけが現実世界に残された。まったく起き上がらないシオン。
　その行方を案じていたジンの前に、ネピリムと名乗る少女が現れる。彼の知っているレアリエンとは全く違った存在の少女だった。
　彼女の情報から、アルス・ノヴァという場所にシオンと少女がいることが判明した。

　アルス・ノヴァ。それはヴェクターの最重要機密データがあるS-Division内にあるという。
　ヴェクターが関与していることがわかり、そこへ侵入するとなると軍やユリに協力を願うわけにもいかないジンは、再びスキエンティアと接触を図った。
　スキエンティアは、彼ら独自の方法でU.M.N.に接続する方法をもっており、そこに着目したジンはドクトゥスに協力を願い出た。
　そしてS-Divisionに侵入したジンはシオンとネピリムの少女の元へとたどり着いた。

　ネピリムの少女は、断章を集めればグリモアが失った記憶を取り戻させてくれると信じていた。そして彼女は言われるとおりに断章を集めて、ここアルス・ノヴァにたどり着いた。
　とうとうジンがシオンを探すために持っていた断章がネピリム(レアリエン)に流れ込み、レメゲトンが完成してしまった。
　しかしグリモアが断章を集めた目的は、たったひとつの願いだった。
　ネピリムの再現。

　かつてロスト・エルサレムにおいて、愛した娘の再現がグリモアの望みだったのだ。

　だが、レアリエンの彼女はその記憶を拒否した。それは自分が望んでいた記憶ではなかったからだ。望んだものではないことに、戸惑いを覚えそして叫ぶしか出来ない彼女から発生したのは「歌声」だった。

　断章の力によりグノーシス化した少女に、突如としてヒルベルトエフェクトが展開される。
　そこに立っていたのは新たな筐体となったKOS-MOSだった。実体化したグノーシスにジンとKOS-MOSが切りかかる。
　まだ少女は完全にグノーシスと化していないことに、ジンは気づいていたのだ。

　シオン、思い出してあげて----

　レアリエンの少女は、かつてミルチアでシオンと一時同じ場所で過ごした事があった。
　それはシオンに驚愕の事実を報せる。

　もともとレメゲトンはグリモアが研究していたが、ロスト・エルサレムが失われたときにヴェクターがプログラムを回収し、その後とある研究機関に引き渡されたものである。
　ミズラヒ脳物理学研究所。
　その名と共にシオンは、自分の父をそこに見た。

　少女はかつて、ミズラヒ研から武装組織へと変化したU-TIC機関の研究施設において、実験体としてそこにいたトランスジェニックタイプのレアリエンだった。
　「アルマデル！」
　シオンは少女の名を呼んだ。思い出したのだ。彼女を被験者として扱っていたのは紛れもなく自分の父であったということを。
　アルマデルという名を取り戻したとき、少女の中にも幼いシオンとの思い出がよみがえった。

　「だいじょうぶ。私がそばにいてあげる」　
　懐かしい、それでも嬉しかったシオンとの短い思い出。
　その彼女との再会。ようやく取り戻した本来の記憶。
　しかし、アルマデルはレメゲトンを制御出来ず歌声も止められなかった。
　あの辛い実験の中で、唯一自分にやさしい声を掛けてくれた存在。それを守るためにアルマデルは、自らの消滅を望んだ。
　またね。
　その声がシオンの中でこだまする。

アルス・ノヴァは閉じた空間となり、封印される。
誰の目にも触れることのない墓標として…

　少女を助けられなかった自分をシオンは悔やんだ。

　この一連の事件にヴェクターは一切関与していないという公表をした。
　ヴェクターがグリモアを最重要機密のU.M.N.内に封じ込めていたことを知ったまま、居られない。

　自分の父の研究と、ヴェクターの正体を探るべく、シオンは退職した。